Oltre agli effetti genetici sono importanti gli effetti epigenetici, ossia la regolazione dell´espressione genetica da parte dell´ambiente. L´epigenetica ha un ruolo molto importante nell´autismo. Le modifiche epigenetiche possono avere effetti che dipendono dal sesso della persona. Queste azioni sono in grado di silenziare i cromosomi sessuali, mentre gli ormoni sessuali possono causare cambiamenti epigenetici nel cervello.
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